屋頂綠化施工應嚴格按照總體設計要求及屋面種植作業標準工序進行施工，施工前應通過圖紙會審，明確細部構造和技術要求，并編制施工方案。施工操作應做到工序合理，采取必要的安全防護措施。施工不得損壞原有的建筑屋面及屋面上的設施，禁止在防水層、排水層上方鑿孔、打洞或重物沖擊。栽種喬木或灌木時，不得因挖掘種植土而傷害排水層和防水層；施工鋪設預埋水電通訊管線須在防水層上，不得損壞防水層。屋面堆筑假山、水池、花架、花臺、景石、水電管線等均不得打開和破壞原屋面防水層。

屋頂綠化防水層應根據設計的防水材料性能特點采用相應的工法施工。當選用卷材防水時，耐根穿刺防水層應放在普通卷材防水層上面，并應采用熱熔施工，確保兩者粘結牢固；耐根穿刺防水卷材與普通防水材料不能復合時，可空鋪施工。防水層應向種植池、花臺及屋面設施延伸，泛水應至少高出種植土150mm。屋頂花園中防水層、耐根穿刺層和排水層一起組合形成了排水板系統，現階段科技已經生產研發了耐根穿刺型的排水板，這種排水板不僅耐根穿刺功能好，而且蓄排水功能更好。這樣不僅為屋頂綠化項目節省了經費開支，而且蓄排水耐根穿刺效果更佳。